内设机构：办公室；人事科（离退休干部工作科）；大气环境科（应对气候变化科、移动源污染监管科）；水生态环境科；土壤生态环境科（自然生态保护科）；生态环境保护督察整改办公室；政策法规科；宣传教育科；规划财务科；科技标准和生态环境监测科；环境影响评价与排放管理科（审批服务科）；固体废物与化学品科；核与辐射安全监管科；环境应急管理和信访稳定科；机关党委（党群工作科）。

直属机构：市生态环境综合行政执法支队；市环境科技信息服务中心（周口市环境监控中心）。